Fluenes herre er fortellingen om skoleguttene som overlates til seg selv på en øde øy, og som selv må fastsette normer for atferd, og derved vise sin sanne natur og kultur. Det vokser spiselige frukter på øya, og den største utfordringen ligger ikke i å overleve fysisk, men i å utvikle et samfunn. Høyst forskjellige ledertyper peker seg ut og kjemper om makten over gutteflokken. Skoleuniformene erstattes av kroppsmaling, og uhyggelige instinkter vekkes til live, side om side med evne til logisk tankegang og ansvar for de svake og sårbare.